11 мая 1944 года, вскоре после освобождения Крыма, И. В. Сталин подписал Постановление Государственного Комитета Обороны СССР № ГОКО-5859 от 11 мая 1944^[6] о выселении всех крымских татар с территории Крыма. Обоснование депортации было подготовлено в отдельной докладной записке Лаврентия Берии, которая опиралась на следующие тезисы: имело место дезертирство 20 000 крымских татар из Красной Армии, «комитеты крымских татар» организовали принудительную депортацию из Крыма около 50 000 советских граждан на работы в Германию, высказывались опасения в области национальной безопасности СССР из-за нахождения враждебного, по мнению Берии, населения в «пограничном районе».^[7] Отметим, что Правительству СССР не был ещё известен подлинный масштаб преступлений нацистов и коллаборационистов в Крыму, состоящий на самом деле из 85 447 человек, угнанных в Германию и 71 921 казненных^[8] с участием «Шумы» из крымских татар, в том числе убийство зверскими методами около 15 000 гражданских лиц из семей коммунистов в концлагере «Красном».^[9] Проект решения подготовил член ГКО, народный комиссар внутренних дел Л. П. Берия. Возглавить операцию по депортации было поручено заместителям народных комиссаров госбезопасности и внутренних дел Б. З. Кобулову и И. А. Серову^[10][11][12].

Часть крымскотатарских коллаборационистов была эвакуирована оккупационными властями в Германию, где из них был создан Татарский горно-егерский полк СС. Часть осталась в Крыму и на 7 мая 1944 года были арестованы органами НКВД 5 381 человека из числа крымских татар, которые, по мнению чекистов, представляли «агентурную» сеть, так как при арестах в их семьях было обнаружено большое количество оружия.^[7] Чекистами было обнаружено при обысках: 5 395 винтовок, 337 пулемётов, 250 автоматов и даже артиллерия из 31 миномёта.^[13] Подозрения чекистов, что у населения может скрываться ещё большее количество оружия, оказались обоснованными и во время депортации было изъято также: 49 миномётов, 622 пулемёта, 724 автомата и 9 888 винтовок.^[14] По обзору мнений экспертов, сделанному BBC, Правительство СССР опасалось, что Турция могла использовать то обстоятельство, что со времен Османской Империи половина крымских татар проживает в этой стране и, используя эти родственные связи, при вхождении в войну с СССР силами крымских татар может организовать вооруженный мятеж.^[15] Данные опасения не были лишены оснований, так как Германия планировала втянуть Турцию в войну против СССР и о переговорах между Турцией и Германией было известно разведке НКВД.^[16][17] Таким образом, основной мотив был не официально объявленное наказание крымских татар за военные преступления, а интернирование этноса, который может относиться к этносам противника в войне, от пограничных зон соприкосновения с ним. Отметим, что во время Второй Мировой Войны такие операции по интернированию проводились регулярно. Например, США интернировали около 110 000 японцев по похожим мотивам, аналогичные депортации проводила Канада и Япония в свою очередь против англичан.

Юридическая часть обоснования депортации была реализована Постановлением с процессуальной точки зрения, а правовым основанием являлась Статья 193-22 действующего в тот момент Уголовного кодекса РСФСР подразумевающая: расстрел лиц, дезертировавших из воинских частей, а также санкции против их семей как конфискация имущества их семей и ссылка.^[13][18] Анализ мобилизационных документов показывал^[18], что около 80 % мужчин призывного возраста из числа крымских татар дезертировали из Красной Армии. При этом по данным указанным в монографии профессора О. В. Романько, ведущего специалиста по истории крымского коллаборационизма, до 35 379 крымских татар было вовлечено в сотрудничество с нацистами в той или иной форме, что также каралось Статьей 193 УК РСФСР минимум конфискацией имущества семьи и ссылкой осужденного вне зависимости было ли это участие в вооруженных формированиях или привлечение к работе в оккупационных администрациях на той или иной должности.^[9] Тем не менее, Статья 193 УК РСФСР хотя и позволяла применять Правительству СССР меру как конфискацию имущества и ссылку семьи коллаборациониста, но не позволяло это применять ко всему народу целиком вне зависимости от того вовлечена ли была большая часть семей народа в коллаборационизм или нет. С другой стороны, Статья 193 УК РСФСР требовала провести массовые казни мужчин из крымских татар, замешанных в коллаборационизме, но это действие произведено также не было. Также конфискация имущества в Постановлении ГКО № 5859-сс, согласно требованиям статьи 193 УК РСФСР, не была произведена в полном объёме, а с рядом послаблений: предоставленные бесплатно стройматериалов и земельного участка по месту прибытия интернированного лица для целей возведения нового дома, а также предоставление ему займа в 5000 рублей на обустройство.^[19] В указе Президента России В. В. Путина об реабилитации крымских татар указано, что основное юридическое нарушение состояло в применении наказания по национальному признаку, а не по фактическим деяниям конкретного лица. Отметим, что на уровне международного права очень поздно пришло понимание того, что похожие этнические интернирования во время Второй Мировой Войны являются расовыми предрассудками, так Рональд Рейган признал это для депортации в японцев от имени Правительства США только в 1988 году.

По оценке западных экспертов, около 15 % мужского населения крымских татар воевало на стороне Красной Армии.^[15] Бугай Н. Ф. отмечает, что среди красных партизан в Крыму татары составляли 16 %.^[20] Тем не менее, крымские татары, воевавшие в частях Красной Армии и в партизанских отрядах, также были подвергнуты административной высылке^[21][22]. Известны исключения, когда офицеры, из числа крымских татар, не были высланы в места депортации как спецпереселенцы, такие, как лётчики Амет Хан Султан и Эмир Усеин Чалбаш, однако им было запрещено жить в Крыму.

Несмотря на то, что они не жили в оккупации и не могли участвовать в коллаборационистских формированиях, депортации подверглись и крымские татары, которые эвакуировались из Крыма до занятия его немцами и успели вернуться из эвакуации за апрель-май 1944 года. В частности, были депортированы все находившиеся во время войны в эвакуации крымские татары — руководители и работники Крымского обкома ВКП(б) (во главе с первым секретарём) и Совнаркома КАССР. Это было объяснено тем, что на новом месте нужны руководящие работники (из партии они не были исключены).